Elektrónová mikroskopia patrí v súčasnosti medzi základné piliere materiálového výskumu. Je to metóda vhodná na charakterizáciu morfológie, zloženia a vnútornej štruktúry materiálov. Hlavným poslaním Centra STU pre Nanodiagnostiku je analýza materiálov a nanoštruktúr pre elektronické aplikácie, senzoriku, fotoniku, elektroniku, medicínu, geológiu, materiálové inžinierstvo a životné prostredie. Analýza materiálov a rozhraní je s použitím súčasných špičkových elektrónových mikroskopov možná až na úrovni atómov. Porozumenie štruktúre a vlastnostiam materiálov je základným predpokladom k ich reálnym aplikáciám.